Yaşar Üniversitesi Genel Sekreter Yardımcılığı, Yaşar Üniversitesi’nin misyonu ve vizyonu doğrultusunda hedeflenen amaçlara ulaşılabilmesi için, Genel Sekreter Yardımcılığına bağlı idari birimlerin faaliyetlerini koordine etmektedir. Bu faaliyetler koordine edilirken yasal mevzuata ve üniversitenin belirlemiş olduğu mevzuata göre çalışmalar yürütülmektedir. Bu çalışmalar yürütülürken Yaşar Üniversitesi’nin Kurucusu ve Onursal Başkanı Sayın Selçuk Yaşar’ın “Bilim, Birlik, Başarı” ilkeleri ışığında, Yaşar Üniversitesi’nin değerleri olan “Bilimsel Yaklaşım”, “İnsan Odaklılık”, “Uluslararasılaşma”, “Toplumsal Sorumluluk” ve "Yenilikçilik" kavramları göz önünde bulundurulmaktadır.

Genel Sekreter Yardımcılığına bağlı altı idari birim bulunmaktadır. Bu birimler aşağıda listelenmiştir:

• Halkla İlişkiler Tanıtım Pazarlama Müdürlüğü
• İnşaat Bakım-Onarım, Teknik İşler Müdürlüğü
• Kariyer ve Mezunlar Merkezi Müdürlüğü
• Kütüphane ve Bilgi Merkezi Müdürlüğü
• Medya Merkezi Müdürlüğü
• Sağlık Kültür Spor Müdürlüğü

Bu birimlerin gerek kendi iç işleyişlerinin yürütülmesi, faaliyetlerinin planlanarak düzenlenmesi ve stratejilerinin belirlenmesi hususu, gerekse diğer idari birimler ve akademik birimler ile olan iş ilişkilerinin koordine edilmesi hususu Genel Sekreter Yardımcılığının görevleri arasındadır. Genel Sekreter Yardımcılığı, Genel Sekreterliğe bağlı olarak çalışmaktadır ve bağlı birimlerin faaliyetlerini raporlamaktadır.